以下几种方法可以都试用一下，思路都差不多。
EXE文件关联被修改后，情形是很吓人的。某回给一个企业修理此类状况，公司财务吓得几乎面无人色，以为所有的东西都完蛋了。经我一番巧妙折腾，症状消失，才如释重负，狠狠的请了我一顿，那电脑里有公司所有重要的资料，要是丢了，麻烦大矣。
一、在安全模式下输入：assoc<空格>.exe=exefile<回车>，屏幕上将显示“.exe=exefile”。现在关闭命令提示符窗口，按Ctrl+Alt+Del组合键调出“Windows安全”窗口，按“关机”按钮后选择“重新启动”选项，按正常模式启动 Windows后，所有的EXE文件都能正常运行了！
二、解决方法：
方法一：把regedit.exe改名为regedit.com，然后执行regedit.com，把 HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\CLASSES\exefile\shell\open\command右边默认项的键值改为 "%1" %*即可
方法二：（只适用于Win2000/XP）：
1、将cmd.exe改名为cmd.com或cmd.scr。
2、运行cmd.com
3、运行下面两个命令：
ftype exefile="%1" %*
assoc .exe=exefile
4、将cmd.com改回cmd.exe
方法三：当然是利用第三方工具了，如去下载瑞星的注册表修复器：
http://download.rising.com.cn/zsgj/RegClean.com，利用它来修复一下文件关联。
三：EXE关联被修改后或者杀除病毒后，执行任何Exe文件都会出错或者要你选择运行程序，使系统软件不能正常运行，出现这种情况就要通过注册表来进行修复，但是注册表工具regedit.exe也是exe，也不例外的被禁止。
但一般病毒只会修改exe文件关联,并不会修改com文件关联.所以此时只要把regedit.exe复制一份到桌面，重命名为regedit.com就可以按照以下的方法把被修改的键值改回来了.(regedit的具体位置在c:\windows\目录下)
如何让扩展名显示出来?
在Windows中默认是不显示扩展名的,这是为了防止用户在更改文件名时误操作把扩展名给改丢失了,如果扩展名丢失,则文件将变成不可识别的类型,也就是一般用户讲的坏了.如果需要更改文件扩展名,则必须让它显示出来,操作方法为:打开资源管理器>工具>文件夹选项>查看>高级设置>去掉不显示已经文件类型的扩展名前面的勾即可.
具体方法:
只要进入注册表到HKEY_CLASSES_ROOT > exefile > shell > open > command 下面，把默认的值改为以下的值就可以啦
修改为:"%1" %*
或者直接新建一个注册表文件，直接导入，具体注册表文件内容为:
---------------------------------------------------------------------
Windows Registry Editor Version 5.00
[HKEY_CLASSES_ROOT\exefile\shell\open\command]
@="\"%1\" %*"
四：方法 1: 适用于所用 Windows 95 以上版本的 Windows (9x/ME/2000/XP/2003)
开始->运行->输入"command" (在 Windows 2000/XP/2003 中，输入"cmd"
，回车
在命令行中，依次执行以下命令：
cd %windir%
copy regedit.exe regedit.com
regedit
注册表编辑器打开后，找到以下分支：
HKEY_CLASSES_ROOT\exefile\shell\open\command
双击右侧窗口中的 (默认) 值，设置为 "%1" %* [包含引号]
再找到:
HKEY_CLASSES_ROOT\.exe
双击右侧窗口中的 (默认) 值，设置为 exefile
然后退出注册表编辑器，重启电脑
方法 2： 适用于 Windows 2000/XP/2003
开始->运行->输入"cmd"，回车
在命令行中，依次执行以下命令：
ftype exefile="%1" %* [包含引号]
assoc .exe=exefile
重启电脑
方法 3： 适用于 Windows 2000/XP/2003
下载并运行以下任一 .reg 文件
http://www.kellys-korner-xp.com/regs_edits/exefix.reg
http://www.dougknox.com/xp/fileassoc/xp_exe_fix.zip
参考资料：http://www.xfly.com.cn/Article/system/systemtrouble/200511/Article_1109.html
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