首先B/S结构受限于网络带宽，不利于进行大数据量的统计分析，网络传输存在潜在的安全问题，还有用户界面不及C/S结构友好，但随着网络带宽和网络应用的发展，加上AJAX技术的流行，使得现在越来越多的MIS系统或基于MIS系统的专业化应用系统都开始倾向于采用B/S结构进行设计，充分利用B/S结构的优点。但是，要充分发挥Web应用的内在潜力，挖掘应用深度和扩大适应能力，需要采用先进的应用架构和以实用为根本准则，使得系统既能满足业务需求，又能适应将来发展需要。
实用性原则：每一个提交到用户手中的系统都应该是实用的，能解决用户的实际问题。
适应性和可扩展性原则：系统需要具备一定的适应能力，特别是Web应用要能适应于多种运行环境，来应对未来变化的环境和需求。可扩展性主要体现在系统易于扩展，例如可以采用分布式设计、系统结构模块化设计，系统架构可以根据网络环境和用户的访问量而适时调整，从某种程度上说，这也是系统的适应性。
可靠性原则：在出现异常的时候应该有人性化的异常信息方便用户理解原因，或采取适当的应对方案，在设计业务量比较大的时候可采用先进的嵌入式技术来保证业务的流畅运行。
可维护性和可管理性原则：Web系统应该有一个完善的管理机制，而可维护性和可管理性是重要的两个指标。
安全性原则：现在的计算机病毒几乎都来自于网络，Web应用应尽量采用五层安全体系，即网络层安全、系统安全、用户安全、用户程序的安全和数据安全。系统必须具备高可靠性，对使用信息进行严格的权限管理，技术上，应采用严格的安全与保密措施，保证系统的可靠性、保密性和数据一致性等。
总体规划、分层实施原则：在开始设计之前应该对Web系统进行总体设计，然后在总体设计指导下分步开发。基于J2EE技术的应用系统是一个融合了多元信息的集成系统，现在一般都采用分层开发：表现层、控制层、业务逻辑层、模型层、数据访问层等，在适应系统需求的准则下，设计低耦合的分层结构，利于团队成员的分工协作，提高开发效率，降低项目风险，实现各个模块的功能设计，完成整个系统的开发。