一、启用 PHP 的安全模式
PHP 环境提供的安全模式是一个非常重要的内嵌安全机制，PHP 安全模式能有效控制一些 PHP 环境中的函数(例如system()函数)，对大部分的文件操作函数进行权限控制，同时不允许对某些关键文件进行修改(例如 /etc/passwd)。但是，默认的 php.ini 配置文件并没有启用安全模式。
可以通过修改 php.ini 配置文件启用 PHP 安全模式：
1safe_mode = on
二、用户组安全
当启用安全模式后，如果safe_mode_gid选项被关闭，PHP 脚本能够对文件进行访问，且相同用户组的用户也能够对该文件进行访问。
因此，建议将该选项设置为关闭状态：
1safe_mode_gid = off
该选项参数仅适用于 Linux 操作系统。
如果不进行该设置，可能无法对服务器网站目录下的文件进行操作。
三、安全模式下执行程序主目录
如果启用了安全模式后，想要执行某些程序的时候，可以指定需要执行程序的主目录，例如：
1safe_mode_exec_dir = /usr/bin
一般情况下，如果不需要执行什么程序，建议您不要指定执行系统程序的目录。可以指定一个目录，然后把需要执行的程序拷贝到这个目录即可，例如：
1safe_mode_exec_dir = /data/www/cmd
但是，更推荐不要执行任何程序。这种情况下，只需要将执行目录指向网页目录即可：
1safe_mode_exec_dir = /data/www
四、安全模式下包含文件
如果需要在安全模式下包含某些公共文件，只需要修改以下选项即可：
1safe_mode_include_dir = /data/www/include/
一般情况下，PHP 脚本中包含的文件都是在程序已经写好的，可以根据具体需要进行设置。
五、控制 PHP 脚本能访问的目录
使用open_basedir选项能够控制 PHP 脚本只能访问指定的目录，这样能够避免 PHP 脚本访问不应该访问的文件，一定程度下降低了 phpshell 的危害。一般情况下，可以设置为只能访问网站目录：
1open_basedir = /data/www
六、关闭危险函数
如果启用了安全模式，那么可以不需要设置函数禁止，但为了安全考虑，还是建议进行相关设置。例如，不希望执行包括system()等在内的执行命令的 PHP 函数，以及能够查看 PHP 信息的phpinfo()等函数，那么您可以通过以下设置禁止这些函数：
1disable_functions = system, passthru, exec, shell_exec, popen, phpinfo, escapeshellarg, escapeshellcmd, proc_close, proc_open, dl
如果想要禁止对于任何文件和目录的操作，可以关闭以下文件相关操作。
1disable_functions = chdir, chroot, dir, getcwd, opendir, readdir, scandir, fopen, unlink, delete, copy, mkdir, rmdir, rename, file, file_get_contents, fputs, fwrite, chgrp,chmod, chown
以上设置可以抵制大部分的 phpshell 威胁。
七、关闭 PHP 版本信息在 HTTP 头中的泄露
为了防止黑客获取服务器中 PHP 版本的信息，禁止该信息在 HTTP 头部内容中泄露：
1expose_php = off
这样设置之后，黑客在执行telnet 80尝试连接服务器的时候，将无法看到 PHP 的版本信息。
八、错误信息控制
一般 PHP 环境在没有连接到数据库或者其他情况下会有错误提示信息，错误信息中可能包含 PHP 脚本当前的路径信息或者查询的 SQL 语句等信息，这类信息如果暴露给黑客是不安全的，因此禁止该错误提示：
1display_errors = Off
如果确实要显示错误信息，一定要设置显示错误信息的级别。例如，只显示警告以上的错误信息：
1error_reporting = E_WARNING & E_ERROR
强烈建议您关闭错误提示信息。
九、错误日志
在关闭错误提示信息后，对于错误信息进行记录，便于排查服务器运行异常的原因：
1log_errors = On
同时，需要设置错误日志存放的目录：
1error_log = /data/logs/php_error.log
该文件必须设置允许 Apache 或者 nginx 用户或用户组具有写的权限。