其实JNI和NDK区别可以这样理解：JNI是一套SUN的API，而NDK更像一个工具，它是GOOGLE自己提供的，编译C/C++的
一： 关于JNI：
JNI即 Java native intereface,为Java应用程序提供调用本地方法的接口，JNI的首要目标在以库文件的形式调用本地方法，在WIndows下为DLL，在UNIX下为SO。
缺陷方面：本来java程序运行在JVM上可以做到平台无关，但是如果Java程序通过JNI调用原生的代码（C/C++等），则丧失了平台无关性。
优势：复用C/C++代码，调用本地库。
注意: 在J2me上是没有JNI，不能像JNI那样调用外部的DLL。假如你需要使用某DLL，也只能在"设计"J2ME虚拟机的时候静态链接加进去，前提是你能够弄到Symbian的JAVA虚拟机的源代码，然后把DLL加到虚拟机里，并且能够替换掉原Symbian的JAVA虚拟机。。(摘自CSDN某位)
二：JNI的使用
JNI程序开发的一般操作步骤如下：
1：编写java中的调用类：设计思想：将本地方法集中在单个类中，以便将以后所需的移植工作减到最少。
2：用javah生成c/c++原生函数的头文件，javah 不使默认内部命令，需要指明路径
3：c/c++中调用需要的其他函数功能，实现原生函数
4：将项目依赖的所有原生库和资源加入到java项目的java.library.path
5：发布Java和动态库（DLL/so放在Jar包的同一级目录下）
三：注意事项
1：使用javah生成.h文件时：UnsatisfiedLinkError+方法名错误
2：在一个Applet应用中，不要使用 JNI。因为在 applet 中可能引发安全异常。
3：将所有本地方法都封装在单个类中，这个类调用单个 DLL。对于每种目标操作系统，都可以用特定于适当平台的版本替换这个 DLL。这样就可以将本地代码的影响减至最小，并有助于将以后所需的移植问题包含在内。
4：本地方法要简单。尽量将生成的 DLL 对任何第三方运行时 DLL 的依赖减到最小。使本地方法尽量独立，以将加载 DLL 和应用程序所需的开销减到最小。如果必须要运行时 DLL，则应随应用程序一起提供它们。
5：本地代码运行时，没有有效地防数组越界错误、错误指针引用带来的间接错误等。所以必须保证保证本地代码的稳定性，因为，丝毫的错误都可能导致 Java 虚拟机崩溃。
四：JNI数据类型映射
JNIEXPORT void JNICALL Java_HelloWorld_print(JNIEnv*env, jobject obj){}
JNIEXPORT和JNICALL是在jni.h中的宏定义。确保这个函数在本地库外可见，并且C编译器会进行正确的调用转换。C/C++函数的名字构成：Java+包名+类名+函数名。与javah指令生成的.h文件的函数名对应，如果函数名不正确会导致UnsatisfiedLinkError。
JNI把JAVA中的对象当作一个C指针传递到本地方法中，这个指针指向JVM中的内部数据结构，而内部数据结构在内存中的存储方式是不可见的。本地代码必须通过在JNIEnv中选择适当的JNI函数来操作JVM中的对象。
第一个参数JNIEnv接口指针，指向一个个函数表，函数表中的每一个入口指向一个JNI函数。本地方法经常通过这些函数来访问JVM中的数据结构。
第二个参数根据本地方法是一个静态方法还是实例方法而有所不同。本地方法是一个静态方法时，第二个参数代表本地方法所在的类（jclass）；本地方法是一个实例方法时，第二个参数代表本地方法所在的对象（jobject）。
对应基本数据类型：
JNI对基本类型和引用类型的处理是不同的。基本类型的映射是一对一的。例如JAVA中的int类型直接对应C/C++中的jint。
对于引用类型：
JNI把JAVA中的对象当作一个C指针传递到本地方法中，这个指针指向JVM中的内部数据结构，而内部数据结构在内存中的存储方式是不可见的。本地代码必须通过在JNIEnv中选择适当的JNI函数来操作JVM中的对象。例如String对应jstring，本地代码只能通过GetStringUTFChars这样的JNI函数来访问
|
Java类型 |
本地类型 |
描述 |
|
boolean |
jboolean |
C/C++8位整型 |
|
byte |
jbyte |
C/C++带符号的8位整型 |
|
char |
jchar |
C/C++无符号的16位整型 |
|
short |
jshort |
C/C++带符号的16位整型 |
|
int |
jint |
C/C++带符号的32位整型 |
|
long |
jlong |
C/C++带符号的64位整型e |
|
float |
jfloat |
C/C++32位浮点型 |
|
double |
jdouble |
C/C++64位浮点型 |
|
Object |
jobject |
任何Java对象，或者没有对应java类型的对象 |
|
Class |
jclass |
Class对象 |
|
String |
jstring |
字符串对象 |
|
Object[] |
jobjectArray |
任何对象的数组 |
|
boolean[] |
jbooleanArray |
布尔型数组 |
|
byte[] |
jbyteArray |
比特型数组 |
|
char[] |
jcharArray |
字符型数组 |
|
short[] |
jshortArray |
短整型数组 |
|
int[] |
jintArray |
整型数组 |
|
long[] |
jlongArray |
长整型数组 |
|
float[] |
jfloatArray |
浮点型数组 |
|
double[] |
jdoubleArray |
双浮点型数组 |
|
函数 |
Java数组类型 |
本地类型 |
|
GetBooleanArrayElements |
jbooleanArray |
jboolean |
|
GetByteArrayElements |
jbyteArray |
jbyte |
|
GetCharArrayElements |
jcharArray |
jchar |
|
GetShortArrayElements |
jshortArray |
jshort |
|
GetIntArrayElements |
jintArray |
jint |
|
GetLongArrayElements |
jlongArray |
jlong |
|
GetFloatArrayElements |
jfloatArray |
jfloat |
|
GetDoubleArrayElements |
jdoubleArray |
jdouble |
|
函数 |
描述 |
|
GetFieldID |
得到一个实例的域的ID |
|
GetStaticFieldID |
得到一个静态的域的ID |
|
GetMethodID |
得到一个实例的方法的ID |
|
GetStaticMethodID |
得到一个静态方法的ID |
|
Java 类型 |
符号 |
|
boolean |
Z |
|
byte |
B |
|
char |
C |
|
short |
S |
|
int |
I |
|
long |
L |
|
float |
F |
|
double |
D |
|
void |
V |
|
objects对象 |
Lfully-qualified-class-name;L类名 |
|
Arrays数组 |
[array-type [数组类型 |
|
methods方法 |
(argument-types)return-type(参数类型)返回类型 |
不能直接访问JNI里面的本地类型，要通过对应函数访问。
JNI支持字符串在Unicode和UTF-8两种编码之间转换。支持C/C++两套API
//C 格式
(*env)-＞＜jni function＞( env, ＜parameters＞ )
//C++ 格式
env-＞＜jni function＞( ＜ parameters＞ )
JNI API为了避免丑陋的函数名，提供了方法向Java虚拟机注册函数映射表。这样当Java调用Native接口的时候，Java虚拟机就可以不用根据函数名来决定调用哪个函数了，直接通过查询表格就可以找到需要调用的函数了。
从本地代码中调用Java方法。也就是通常说的来自本地方法中的callbacks（回调）。
native/java和java/native和java/java效率比较：native/java<java/native<java/java
五：JNI中的引用
JNI支持三种引用：局部引用、全局引用、弱全局引用
局部引用和全局引用有不同的生命周期。当本地方法返回时，局部引用会被自动释放。而全局引用和弱引用必须手动释放。
局部引用或者全局引用会阻止GC回收它们所引用的对象，而弱引用则不会。
不是所有的引用可以被用在所有的场合。例如，一个本地方法创建一个局部引用并返回后，再对这个局部引用进行访问是非法的。
1:局部引用：
局部引用只有在创建它的本地方法返回前有效。本地方法返回后，局部引用会被自动释放。(static局部对象也是一样)
实际上JNI中的局部引用和C语言中局部变量是不同的，他的有效期是当前Native函数被调用的上下文中。我理解的调用上下文，为Java虚拟机的调用流程。Native函数是被Java虚拟机调用的，Native函数执行完成之后，控制流程将继续返回给Java虚拟机。局部变量在Native函数中，由Native代码调用Java虚拟机的JNI接口创建，秉着谁创建谁销毁的原则，当Native函数执行完成之后，如果局部引用没有被Native代码显示删除，那么局部引用在Java虚拟机中还是有效的。Java虚拟机来决定在什么时候来删除这个对象。这和C语言的局部变量概念是不同的。这也可以解释为什么Natvie函数能够以一个局部引用为返回值了。
局部引用在Native代码显示释放非常重要。
（如果你实现的Native函数是工具函数，会被频繁的调用。如果你在Native函数中没有显示删除局部引用，那么每次调用该函数Java虚拟机都会创建一个新的局部引用，造成局部引用过多。尤其是该函数在Native代码中被频繁调用，代码的控制权没有交还给Java虚拟机，所以Java虚拟机根本没有机会释放这些局部变量。）
JNIapi中有三个函数对局部引用进行处理：EnsureLocalCapacity、PushLocalFrame、PopLocalFrame
可以用栈来理解局部变量。
2：全局引用：
全局引用可以跨方法、跨线程使用，直到它被手动释放才会失效。同局部引用一样，全局引用也会阻止它所引用的对象被GC回收。NewGlobalRef和DeleteGlobalRef.
3：弱引用
弱引用使用NewGlobalWeakRef创建，使用DeleteGlobalWeakRef释放。与全局引用类似，弱引用可以跨方法、线程使用。与全局引用不同的是，弱引用不会阻止GC回收它所指向的VM内部的对象。NewWeakGlobalRef和DeleteWeakGlobalRef。使用的时候应该检查它的有效性
每一个JNI引用被建立时，除了它所指向的JVM中的对象以外，引用本身也会消耗掉一个数量的内存。作为一个JNI程序员，应该对程序在一个给定时间段内使用的引用数量十分小心。短时间内创建大量不会被立即回收的引用会导致内存溢出。
六：DLL与so相关
NDK：
一：NDK简介
Native Development Kit。NDK提供了一系列的工具，帮助开发者快速开发C（或C++）的动态库，并能自动将so和java应用一起打包成apk。Google提高的NDK中API支持的功能非常有限，包含有：C标准库（libc）、标准数学库（libm）、压缩库（libz）、Log库（liblog）
二：使用cygwin
下载安装cygwin，cygwin是cygwin是一个在windows平台上运行的unix模拟环境。
具体参考：百度文库这篇：点这里。
三：Android.mk文件和Makefile
EOE上能找翻译文档。
LOCAL_PATH := $(call my-dir)
include $(CLEAR_VARS)
LOCAL_MODULE
:= helloworld
LOCAL_SRC_FILES := helloworld.c
include $(BUILD_SHARED_LIBRARY)