原因见连接
最终解决办法如下：
打开SharePoint Central Administration，在Virtual Server Configuration节中单击Configure virtual server settings，选择Default Web Site，然后单击Virtual Server Management节中的Define managed paths，进入定制管理路径页面。
在Add a New Path节的Path设定框中输入“/MyWebSite”(不包含引号，也就是想要调试的WebApplication)，选择Type为Excluded path，单击OK。
打开默认站点的Web.config文件，作如下修改：
1、取消对
<add name="Session" type="System.Web.SessionState.SessionStateModule"/>
行的注释；
2、将
<pages enableSessionState="false" ......
改为
<pages enableSessionState="true" ......
3、注释
<trust level="WSS_Minimal" originUrl="" />
行。
修改后重新尝试Debug，一切正常，默认站点的SharePoint网站也可以正常访问。
感谢fish提供帮助！