看apache日志，看/usr/local/apache/logs/access_log文件，看看对方提交了些什么请求，如果可能，安装一个IDS，比如Snort之类得，设定规则能够过滤很多SQL Injection。
服务器端：设置PHP.ini
magic_quotes_gpc = On
safe_mode = On
allow_url_fopen = Off
disable_functions = fopen,file,file_get_contents,system,exec,..（把你认为危险函数加进去）
程序端：
字符型变量使用mysql_escape_string或者addslashes函数过滤所有GET、POST等等过来得变量，过滤很多能够访问文件得可能，比如过滤掉./,../等等字符. 整型变量使用intval()函数强制转换
网管：
定期使用mysql_dump等工具备份数据库数据到本地，定期查看apache得访问日志，安装防火墙和入侵检测系统，定期查看各类日志，比如ssh等日志. 设置服务器各种权限,
更详细的请参考我的另两篇文章:
<PHP中的代码安全和SQL Injection防> http://blog.csdn.net/heiyeshuwu/archive/2005/06/14/394225.aspx
<FreeBSD下构建安全的Web服务器> http://blog.csdn.net/heiyeshuwu/archive/2005/05/25/380492.aspx