在NDK自带的samples项目中，jni目录下都没有.c/cpp的头文件，而是直接遵循方法命名规则。如hello-jni.c文件，
jstring
Java_com_example_hellojni_HelloJni_stringFromJNI( JNIEnv* env,
jobject thiz )
直接是Java_java本地方法所在包名（用下划线_取代点.连起来）_方法名（两个固定参数，java传入的其他参数）；
其中JNIEnv *env ：
就是JNI运行环境，通过它才能与java层交互。JNIEnv指针是JVM创建的，用于Native的c/c++方法操纵Java执行栈中的数据，比如Java Class, Java Method等。
jobject thiz或者jclass class:
就是指当前操作的数据来源的对象，当是静态方法时，则指这个类。
具体参考这个：
http://blog.csdn.net/wantianpei/article/details/7638328
回到主题上来，上面只是表明没有.h文件，只要按照jni命名规则，java调用C方法也是没有问题的。在hello-jni工程中要生产jni头文件，需要用到javah这个工具。先看看它的帮助说明：
用法：javah [选项] <类>
其中 [选项] 包括：
-help 输出此帮助消息并退出
-classpath <路径> 用于装入类的路径
-bootclasspath <路径> 用于装入引导类的路径
-d <目录> 输出目录
-o <文件> 输出文件（只能使用 -d 或 -o 中的一个）
-jni 生成 JNI样式的头文件（默认）
-version 输出版本信息
-verbose 启用详细输出
-force 始终写入输出文件
使用全限定名称指定 <类>（例
如，java.lang.Object）。
一般用法是转到android项目bin/classes目录下，然后执行：
javah -classpath ./ -d ../../jni -jni com.example.hellojni.HelloJni
个人习惯直接用：
在项目根目录下，直接执行：
javah -classpath ./bin/classes -d ./jni -jni com.example.hellojni.HelloJni这种风格。
执行后会在项目目录下生产jni文件夹，里面存放着自动生产的.h文件com_example_hellojni_HelloJni.h；
内容如下：
/* DO NOT EDIT THIS FILE - it is machine generated */
#include <jni.h>
/* Header for class com_example_hellojni_HelloJni */
#ifndef _Included_com_example_hellojni_HelloJni
#define _Included_com_example_hellojni_HelloJni
#ifdef __cplusplus
extern "C" {
#endif
/*
* Class: com_example_hellojni_HelloJni
* Method: stringFromJNI
* Signature: ()Ljava/lang/String;
*/
JNIEXPORT jstring JNICALL Java_com_example_hellojni_HelloJni_stringFromJNI
(JNIEnv *, jobject);
/*
* Class: com_example_hellojni_HelloJni
* Method: unimplementedStringFromJNI
* Signature: ()Ljava/lang/String;
*/
JNIEXPORT jstring JNICALL Java_com_example_hellojni_HelloJni_unimplementedStringFromJNI
(JNIEnv *, jobject);
#ifdef __cplusplus
}
#endif
#endif
include此头文件，然后编写C实现代码。
参考资料：
http://book.51cto.com/art/201305/395882.htm