Linux 和 Unix 文件系统被组织成一个有层次的树形结构。文件系统的最上层是 /，或称为 根目录。在 Unix 和 Linux 的设计理念中，一切皆为文件——包括硬盘、分区和可插拔介质。这就意味着所有其它文件和目录（包括其它硬盘和分区）都位于根目录中。 例如：/home/jebediah/cheeses.odt 给出了正确的完整路径，它指向 cheeses.odt 文件，而该文件位于 jebediah 目录下，该目录又位于 home 目录，最后，home 目录又位于根(/) 目录下。 在根 (/) 目录下，有一组重要的系统目录，在大部分 Linux 发行版里都通用。直接位于根 (/) 目录下的常见目录列表如下：
- /bin - 重要的二进制 (binary) 应用程序
- /boot - 启动 (boot) 配置文件
- /dev - 设备 (device) 文件
- /etc - 配置文件、启动脚本等 (etc)
- /home - 本地用户主 (home) 目录
- /lib - 系统库 (libraries) 文件
- /lost+found - 在根 (/) 目录下提供一个遗失+查找(lost+found) 系统
- /media - 挂载可移动介质 (media)，诸如 CD、数码相机等
- /mnt - 挂载 (mounted) 文件系统
- /opt - 提供一个供可选的 (optional) 应用程序安装目录
- /proc - 特殊的动态目录，用以维护系统信息和状态，包括当前运行中进程 (processes) 信息。
- /root - root (root) 用户主文件夹，读作“slash-root”
- /sbin - 重要的系统二进制 (system binaries) 文件
- /sys - 系统 (system) 文件
- /tmp - 临时(temporary)文件
- /usr - 包含绝大部分所有用户(users)都能访问的应用程序和文件
- /var - 经常变化的(variable)文件，诸如日志或数据库等