文件占用磁盘空间时，基本单位不是字节而是簇。簇的大小与磁盘的规格有关，一般情况下，软盘每簇是1个扇区，硬盘每簇的扇区数与硬盘的总容量大小有关，可能是4、8、16、32、64…… 通常在Windows平台下使用的3种文件系统是FAT（文件分区表），FAT32（32位文件分区表）和NTFS（NT文件系统）。在FAT文件系统下，每一个磁盘被分成固定大小的簇。簇最少为512个字节，其大小可以成倍增长，最大为32K。每个簇都是由唯一的索引号——一个16位二进制数来标识。因为16位二进制数最大为65536，所以FAT分区所拥有的簇的数量不可能超过65536个。簇的数量和大小的限制，就是FAT分区为什么不能超过2GB的原因。
FAT中的入口连接着组成一个文件的各个簇，文件的目录入口包含其第一个簇的索引号，而该簇在FAT中的入口又包含着下一个簇的索引号，依此类推。一个文件的最后一簇对应的FAT入口则包含着一个特殊的文件终止符，未使用的簇和损坏的簇也会用特殊代码标识出来。FAT32文件的原理几乎与此相同，但它的簇更小，而且由于FAT32入口是32位，所以其容量理论上可以超过40亿个字节。 NTFS是一个相当高级的文件系统。它的主文件表（MFT）是一个非常完整的数据库，它负责对磁盘上的每个文件进行索引。每个MFT的入口通常为1K大小，其中记录了大量的文件信息。NTFS可以在文件的MFT入口中存储非常小的文件的全部内容；对于大一些的文件，这些入口会标识出包含文件数据的簇。