学步园

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#include <iostream><br /> #include <numeric><br /> #include <vector><br /> #include <iterator><br /> #include <cstdlib><br /> #include <fstream><br /> #include <ctime><br /> #include <boost/random/linear_congruential.hpp><br /> #include <boost/random/uniform_int.hpp><br /> #include <boost/random/uniform_real.hpp><br /> #include <boost/random/variate_generator.hpp><br /> #include <boost/random/mersenne_twister.hpp></p> <p>using namespace std;<br /> int main(int argc, char* argv[])<br /> {<br /> const int N=100; // 基础群大小<br /> const int s=4; //公母比例nf/nm<br /> const int no=8; //每头母畜每胎所产后代数<br /> const double P1=0.25,P2=0.50; //基因型频率，11，12，22(概率P3为1-P1-P2=0.25)<br /> const int g=20; //考察世代数<br /> vector<vector<int> > A(N, vector<int>(3,0)); // 用来存放个体号，性别（1为雄，2为雌）和基因型（11，12，22）<br /> int nm=0,nf=0; //F0代公母畜的个体数<br /> double u2;<br /> //产生服从（0，1）之间均匀分布的随机数<br /> boost::mt19937 rng;<br /> boost::uniform_real<> one(0,1);<br /> boost::variate_generator<boost::mt19937&, boost::uniform_real<> > die(rng, one);<br /> // 确定个体性别(非随机法)<br /> for (int i=0;i<N/(1+s);i++)<br /> A[i][1]=1; //公畜个体<br /> for (int i=(N/(1+s));i<N;i++)<br /> A[i][1]=2; //母畜个体<br /> //个体基因型确定（随机法）<br /> for (int i=0;i<N;i++){<br /> A[i][0]=i; //个体号<br /> u2=die();<br /> if (u2<P1)<br /> A[i][2]=11; //11型个体<br /> else{<br /> if (u2>=P1&&u2<P1+P2)<br /> A[i][2]=12; //12型个体<br /> else<br /> A[i][2]=22; //22型个体<br /> }<br /> }<br /> //确定雌雄个体数<br /> nm=N/(1+s); // 公畜个体数<br /> nf=N-nm; //母畜个体数<br /> for(int i=1;i<=g;i++){<br /> // 交配组合的确定<br /> int u;<br /> // 随机交配，结果记录到vector B中<br /> vector<vector<int> > B(nf*no, vector<int>(5,0)); // 用来存放F1代个体号，父亲个体号，母亲个体号，性别,基因型<br /> for(int i=0;i<nm;i++){<br /> for(int j=0;j<s;j++){<br /> static int b=0; //使母畜号逐渐往后推移<br /> static int c=0; //记录F1代的个体号<br /> double a= die(); //0到1的随机数<br /> u = int(nf*a)+nm+b; //随机抽取的母畜个体号<br /> A[nm].swap(A[u]); //交换第nm行和第u行<br /> B[c][0]=c; //F1代个体号<br /> B[c][1]=i; //F1代个体父亲<br /> B[c][2]=u; //F1代个体母亲<br /> b++;<br /> c++; //F1个体号累加<br /> }<br /> }<br /> //后代性别和基因型的确定<br /> for(int i=0;i<nf*no;i++){<br /> //性别确定<br /> double u1;<br /> u1=die();<br /> if (u1<0.5)<br /> B[i][3]=1;<br /> else<br /> B[i][3]=2;<br /> //基因型确定<br /> int m,f;<br /> double u3,u4;<br /> //父本<br /> if (A[B[i][1]][2]=11)<br /> m=1;<br /> else {<br /> if(A[B[i][1]][2]=22)<br /> m=2;<br /> else{<br /> u3=die();<br /> if(u3<0.5)<br /> m=1;<br /> else<br /> m=2;<br /> }<br /> }<br /> //母本<br /> if (A[B[i][1]][2]=11)<br /> f=1;<br /> else {<br /> if(A[B[i][2]][2]=22)<br /> f=2;<br /> else{<br /> u3=die();<br /> if(u4<0.5)<br /> f=1;<br /> else<br /> f=2;<br /> }<br /> }<br /> B[i][4]=f*10+m;<br /> }<br /> //随机选留nm个公畜，nf个母畜<br /> //计算基因频率<br /> int n11,n12,n22; //各种基因型的个体的数目<br /> n11=n12=n22=0;<br /> double p1,p2; //等位基因1和2的频率<br /> double p11,p12,p22; //基因型频率<br /> for(int i=0;i<no*nf;i++){ //计算F1代各种基因型的个体数<br /> switch(B[i][4]){<br /> case 11:<br /> n11++;<br /> case 12:<br /> n12++;<br /> case 22:<br /> n22++;<br /> }<br /> }<br /> p1=(n11*2+n12)/(2*no*nf); //等位基因1的基因频率<br /> p2=1-p1; //等位基因2的基因频率<br /> p11=double(n11)/double(no*nf); //基因型11的基因型频率<br /> p12=double(n12)/double(no*nf); //基因型12的基因型频率<br /> p22=double(n22)/double(no*nf); //基因型22的基因型频率<br /> //输出每代的基因型频率<br /> ofstream outfile("./drift.txt");<br /> outfile << "代数:"<<g<<endl;<br /> outfile << "p11:"<<p11<< endl;<br /> outfile << "p12:"<<p12<< endl;<br /> outfile << "p22:"<<p22<< endl;<br /> outfile.close();<br /> }</p> <p> return 0;<br /> }