工欲善其事必先利其器 , 下面介绍下 Eclipse SDK NDK Cygwin CDT 集成开发环境的搭建。
1、 需要的软件：
Android NDK，cygwin
2、 Android NDK，直接解压，不用安装：
http://developer.android.com/sdk/ndk/index.html
3、 cygwin：
由于NDK编译代码时必须要用到make和gcc，所以你必须先搭建一个linux环境， cygwin是一个在windows平台上运行的unix模拟环境,它对于学习unix/linux操作环境，或者从unix到windows的应用程序移植，非常有用。通过它，你就可以在不安装linux的情况下使用NDK来编译C、C++代码了。
1） 下载地址： http://www.cygwin.com下载setup.exe
2）安装：第一步 双击上面的setup.exe, 开始安装，一直点击下一步，最后选择一个下载站点，如http://mirrors.kernel.org，
第二步，也是最重要的一步，在显示的列表中选择要安装的包。NDK必需的包有：
autoconf2.1、automake1.10、binutils、gcc-core、gcc- g++、gcc4-core、gcc4-g++、gdb、pcre、pcre-devel、gawk、make共12个包，
这里，可以直接选择devel 和shells这两个目录，将default变为install,然后，点击下一步，最后直到安装完成。
3） 测试cygwin安装是否成功：
运行cygwin，在弹出的命令行窗口输入：cygcheck -c cygwin命令，会打印出当前cygwin的版本和运行状态，如果status是ok的话，则cygwin运行正常。
然后依次输入gcc –version，g++ --version，make –version，gdb –version进行测试，如果都打印出版本信息和一些描述信息，非常高兴的告诉你，你的cygwin安装完成了！
4、配置NDK环境变量
1）、 首先找到cygwin的安装目录，找到一个home\<你的用户名>\.bash_profile文件，我的是：E:\cygwin\home\Administrator\.bash_profile，(注意：我安装的时候我的home文件夹下面神马都没有，解决 的办法：首先打开环境变量，把里面的用户变量中的HOME变量删掉，在E:\cygwin\home文件夹下建立名为Administrator的文件夹（是用户名），然后把E:\cygwin\etc\skel\.bash_profile拷贝到该文件夹下)。
2）、 打开bash_profile文件，添加NDK=/cygdrive/<你的盘符>/<android ndk 目录>例如：NDK=/cygdrive/e/android-ndk-r5
export NDK
NDK这个名字是随便取的，为了方面以后使用方便，选个简短的名字，然后保存
3）、打开cygwin，输入cd $NDK，如果输出上面配置的/cygdrive/e/android-ndk-r5信息，则表明环境变量设置成功了。
5、用NDK来编译程序
1）、 现在我们用安装好的NDK来编译一个简单的程序吧，我们选择ndk自带的例子hello-jni，我的位于E:\android-ndk-r5\samples\hello-jni(根据你具体的安装位置而定)，
2）、 运行cygwin，输入命令cd /cygdrive/e/android-ndk-r5/samples/hello-jni，进入到E:\android-ndk-r5\samples\hello-jni目录。
3）、 输入$NDK/ndk-build，执行成功后，它会自动生成一个libs目录，把编译生成的.so文件放在里面。($NDK是调用我们之前配置好的环境变量，ndk-build是调用ndk的编译程序)
4）、 此时去hello-jni的libs目录下看有没有生成的.so文件，如果有，你的ndk就运行正常啦！
6、在eclipse中集成c/c++开发环境
1）、 装Eclipse的C/C++环境插件：CDT，这里选择在线安装。
首先登录http://www.eclipse.org/cdt/downloads.php，找到对应你Eclipse版本的CDT插件的在线安装地址。
2）、 然后点Help菜单，找到Install New Software菜单
3）、 点击Add按钮，把取的地址填进去，出来插件列表后，选Select All，然后选择下一步即可完成安装
4）、 安装完成后，在eclispe中右击新建一个项目，如果出现了c/c++项目，则表明你的CDT插件安装成功啦！
7、配置C/C++的编译器
1）、 打开eclipse，导入ndk自带的hello-jni例子，右键单击项目名称，点击Properties，弹出配置界面，之后再点击Builders，弹出项目的编译工具列表，之后点击New，新添加一个编译器，点击后出现添加界面，选择Program，点 击OK
2）、出现了添加界面，首先给编译配置起个名字，如：C_Builder
设置Location为<你cygwin安装路径>\bin\bash.exe程序，例如：E:\cygwin\bin\bash.exe，设置WorkingDirectory为<你cygwin安装路径>\bin目录，例如：E:\cygwin\bin
设置Arguments为
--login -c "cd /cygdrive/I/JavaWorkSpace/Blog/NDK_02&& $NDK/ndk-build"
上面的配置中 /cygdrive/I/JavaWorkSpace/Blog/NDK_02是你当前要编译的程序的目录，$NDK是之前配置 的ndk的环境变量，这两个根据你具体的安装目录进行配置，其他的不用变，Arguments这串参数实际是 给bash.exe命令行程序传参数，进入要编译的程序目录，然后运行ndk-build编译程序
3）、接着切换到Refresh选项卡，给Refresh resources upon completion打上钩
4）、然后切换到Build Options选项卡，勾选上最后三项
5）、之后点击Specify Resources按钮，选择资源目录，勾选你的项目目录即可
6）、 最后点击Finish，点击OK一路把刚才的配置都保存下来，注意：如果你配置的编译器在其它编译器下边，记得一定要点Up按钮，把它排到第一位，否则C代码的编译晚于Java代码的编译，会造成你的C代码要编译两次才能看到最新的修改
7）、 这一路下来肯定很累了吧，现在再次恭喜你，编译配置也配置完成啦，现在来测试一下是否可以自动编译呢，打开项目jni目录里的hello-jni.c文件把提示Hello from JNI!改成其他的文字：如：Hello，My name is alex.，然后再模拟器中运行你的程序，如果模拟器中显示了你最新修改的文字，那么Congratulations！你已经全部配置成功啦！
本篇参考自（略有修改）：
http://blog.chinaunix.net/uid-26524139-id-3206370.html