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我把index.jsp文件放到WEB-INF下，又在WEB-INF下建立一个目录js用来放javascript文件，也就是说index.jsp和js目录是平级的，但是在index.jsp下引用javascript文件时怎么也找不到。

WEB-INF对于用户（也就是IE）不可见。
对策，把js放到WEB-INF外，或者通过专门的jsp/servlet/action等forward到相应的资源。