方法一：更改WebRoot为WebContent （试了下不是很好用 建议使用方法二）
方法二：1.进入项目目录，找到.project文件，打开。
2.找到<natures>…</natures>代码段
3.在第2步的代码段中加入如下标签内容并保存：
<nature>org.eclipse.wst.common.project.facet.core.nature</nature><nature>org.eclipse.wst.common.modulecore.ModuleCoreNature</nature><nature>org.eclipse.jem.workbench.JavaEMFNature</nature>
4.在eclipse的项目上点右键，刷新项目。
5.在项目上点右键，进入属性（properties）
6.在左侧列表项目中点击选择“ProjectFacets”，在右侧选择“Dynamic
Web Module”和”Java”，点击保存
7.进入项目目录找到.setting下的org.eclipse.wst.common.component文件修改的source-path=web，(根据web的目录名更改，MyEclipse默认为WebRoot)其他的选项也可更改。
8.这是Eclipse已经识别出了，但是使用eclipse的导出War包功能时会发现导出的有问题只能导出class,还要更改org.eclipse.wst.common.component这个文件中的项目的路径
原始文件内容如下：
<?xml version=”1.0″encoding=”UTF-8″?>
<project-modules id=”moduleCoreId”project-version=”1.5.0″>
<wb-module deploy-name=”PIS”>
<wb-resource deploy-path=”/”source-path=”/web”/>
<wb-resource deploy-path=”/WEB-INF/classes”source-path=”/src”/>
<property name=”context-root”value=”PIS”/>
<property name=”java-output-path”value=”/PIS/WebRoot/WEB-INF/classes”/>
</wb-module>
</project-modules>
更改为：
<?xml version=”1.0″encoding=”UTF-8″?>
<project-modules id=”moduleCoreId”project-version=”1.5.0″>
<wb-module deploy-name=”PIS”>
<property name=”context-root”value=”PIS”/>
<property name=”java-output-path”value=”/PIS/web/WEB-INF/classes”/>
<wb-resource deploy-path=”/”source-path=”/web”/>
<wb-resource deploy-path=”/WEB-INF/classes”source-path=”/src”/>
</wb-module>
</project-modules>