Java：
方案一 加密软件，试用版 商业版需要付费
方案二 插件等，常用的是代码混淆，eclipse中用到jocky，Jbulider中用retroGuard，Joc比较难用。
方案三 编写加密算法 DES jni 加密软件也多是采用加密算法 但独立开发耗费时间长 效果不确定
其他:
Proguard DES加密器 其他加密软件
选择加密方式前，确认要保护的文件运行的平台，如果是在WEB平台，那么直接将关键的class文件放在服务器端就可以。
如果是PC机上的软件之类，那么多采用加密软件或者插件等方法。
C#:
混淆：
VS自带有混淆器， .NET自带的Dotfuscator Community Edition
.net的好多混淆工具都收费
其他：
Xenocode
Postbuild
Spdevelop
MAXCODE
.NET Reactor 比较强大
加壳：
Sixxpack
如果用Sixxpack处理之后的程序集，版本信息是0.0.0.0，其他信息也不对。使用Resource Hacker修改。
硬件加密：较难实现，但效果较好
参考网址：
JAVA:
http://download.csdn.net/detail/sun00325/2488429
http://download.csdn.net/download/sun00325/548640
http://www.cnblogs.com/dartagnan/archive/2011/03/24/2003434.html
http://www.iteye.com/problems/47428
http://wenku.baidu.com/view/809fa56aa98271fe910ef99d.html
http://wenku.baidu.com/view/f0c077669b6648d7c1c74617.html
C#:
http://bbs.bccn.net/thread-330014-1-1.html
http://bbs.bccn.net/viewthread.php?tid=324464&highlight=%BC%D3%BF%C7
http://angusj.com/resourcehacker/
http://download.csdn.net/detail/wenanry/2162430
http://bbs.bccn.net/viewthread.php?tid=324464&highlight=%BC%D3%BF%C7