X.509是常见通用的证书格式。所有的证书都符合为Public Key Infrastructure (PKI) 制定的 ITU-T X509 国际标准。
因此(理论上)为一种应用创建的证书可以用于任何其他符合X.509标准的应用。在一份证书中，必须证明公钥及其所有者的姓名是一致的。对X.509证书来说，认证者总是 CA或由CA指定的人，一份X.509证书是一些标准字段的集合，这些字段包含有关用户或设备及其相应公钥的信息。X.509标准定义了证书中应该包含哪些信息，并描述了这些信息是如何编码的(即数据格式)，所有的X.509证书包含以下数据：
1、X.509版本号：指出该证书使用了哪种版本的X.509标准，版本号会影响证书中的一些特定信息。目前的版本是3。
2、证书持有人的公钥：包括证书持有人的公钥、算法(指明密钥属于哪种密码系统)的标识符和其他相关的密钥参数。
3、证书的序列号：由CA给予每一个证书分配的唯一的数字型编号，当证书被取消时，实际上是将此证书序列号放入由CA签发的CRL（Certificate Revocation List证书作废表，或证书黑名单表）中。这也是序列号唯一的原因。
4、主题信息：证书持有人唯一的标识符(或称DN-distinguished name)这个名字在 Internet上应该是唯一的。DN由许多部分组成，看起来象这样：
CN=Bob Allen, OU=Total Network Security Division
O=Network Associates, Inc.
C=US
这些信息指出该科目的通用名、组织单位、组织和国家或者证书持有人的姓名、服务处所等信息。
5、证书的有效期：证书起始日期和时间以及终止日期和时间；指明证书在这两个时间内有效。
6、认证机构：证书发布者，是签发该证书的实体唯一的CA的X.500名字。使用该证书意味着信任签发证书的实体。(注意：在某些情况下，比如根或顶级CA证书，发布者自己签发证书)
7、发布者的数字签名：这是使用发布者私钥生成的签名，以确保这个证书在发放之后没有被撰改过。
8、签名算法标识符：用来指定CA签署证书时所使用的签名算法。算法标识符用来指定CA签发证书时所使用的公开密钥算法和HASH算法。
X.509 DER 编码(ASCII)的后缀是： .DER .CER .CRT
X.509 PAM 编码(Base64)的后缀是： .PEM .CER .CRT
.cer/.crt是用于存放证书，它是2进制形式存放的，不含私钥。
.pem跟crt/cer的区别是它以Ascii来表示。
PKCS 全称是 Public-Key Cryptography Standards ，是由美国RSA数据安全公司及其合作伙伴制定的一组公钥密码学标准，其中包括证书申请、证书更新、证书作废表发布、扩展证书内容以及数字签名、数字信封的格式等方面的一系列相关协议。
到1999年底，PKCS已经公布了以下标准：
PKCS#1：定义RSA公开密钥算法加密和签名机制，主要用于组织PKCS#7中所描述的数字签名和数字信封[22]。
PKCS#3：定义Diffie-Hellman密钥交换协议[23]。
PKCS#5：描述一种利用从口令派生出来的安全密钥加密字符串的方法。使用MD2或MD5 从口令中派生密钥，并采用DES-CBC模式加密。主要用于加密从一个计算机传送到另一个计算机的私人密钥，不能用于加密消息[24]。
PKCS#6：描述了公钥证书的标准语法，主要描述X.509证书的扩展格式[25]。
PKCS#7：定义一种通用的消息语法，包括数字签名和加密等用于增强的加密机制，PKCS#7与PEM兼容，所以不需其他密码操作，就可以将加密的消息转换成PEM消息[26]。
PKCS#8：描述私有密钥信息格式，该信息包括公开密钥算法的私有密钥以及可选的属性集等[27]。
PKCS#9：定义一些用于PKCS#6证书扩展、PKCS#7数字签名和PKCS#8私钥加密信息的属性类型[28]。
PKCS#10：描述证书请求语法[29]。
PKCS#11：称为Cyptoki，定义了一套独立于技术的程序设计接口，用于智能卡和PCMCIA卡之类的加密设备[30]。
PKCS#12：描述个人信息交换语法标准。描述了将用户公钥、私钥、证书和其他相关信息打包的语法[31]。
PKCS#13：椭圆曲线密码体制标准[32]。
PKCS#14：伪随机数生成标准。
PKCS#15：密码令牌信息格式标准[33]。
常用的有：
PKCS#7 Cryptographic Message Syntax Standard
PKCS#10 Certification Request Standard
PKCS#12 Personal Information Exchange Syntax Standard
PKCS#7 常用的后缀是： .P7B .P7C .SPC
PKCS#12 常用的后缀有： .P12 .PFX
pfx/p12用于存放个人证书/私钥，他通常包含保护密码，2进制方式
p10是证书请求
p7r是CA对证书请求的回复，只用于导入
p7b以树状展示证书链(certificate chain)，同时也支持单个证书，不含私钥。
以下转载自http://blog.csdn.net/peterwanghao/article/details/1771723
用keytool工具产生证书和密钥时会被要求定义一个别名。但用openssl之类的工具产生证书和密钥时，别名不是必须的。但是在获取密钥和证书时，需要指定别名。
例如：
String keystorefile = "c://test.p12";
String keypasswd = "mypasswd";
String keyalias = "alias";
KeyStore ks = KeyStore.getInstance("PKCS12");
FileInputStream fin = new FileInputStream(keystorefile);
ks.load(fin,keypasswd.toCharArray());
PrivateKey prikey = (PrivateKey)ks.getKey(keyalias,keypasswd.toCharArray());
Certificate cert = ks.getCertificate(keyalias);
PublicKey pubkey = cert.getPublicKey();
当你不知道别名时，可以通过KeyStore的aliases()方法获取该文件包含的所有别名。
openssl产生的.p12文件，别名是诸如1,2,3.....
而通过导入IE再导出的.pfx文件，别名则是{xxxxx-xxxxx...}之类的。