最近需要用到FunciSNP包来帮处理一些SNP的数据。
最开始感觉这个package有些复杂，后来才发现其实很简单，只要两个input文件即可。
这个package的主程序为：
getFSNPs(snp.regions.file = "SNP file path", bio.features.loc = "Biofeature directory path")
SNP file path 就是你的SNP文件所在的path。 SNP文件需要三列的格式
V1 V2 V3
1 11：123352 rs234546432 EUR
分别代表：chromosome:location SNP ID population
2 xxxx xxxx xxxx
Biofeature directory path则是.bed file所在的文件夹
注意，这里是文件夹名称而非文件名称，因为biofeature可以有很多个。
.bed file一般是某些转录因子的chip-seq data。配合以自带的DNase seq， FAIRE seqdata， CTCF data等等找到可能的functional SNP。