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解决方法是把使用到了System.Data.Sqlite的项目的编译平台改为X86,而不是所有平台或X64.

原因是如果是“所有平台”，那么CLR只会搜索针对“所有平台”的System.Data.Sqlite.dll。而如果是"X86"或"X64",则会搜索相同平台及所有平台的版本。

而System.Data.Sqlite.dll本身因为使用了 Native Code, 所以不能编译成所有平台的版本。