子窗口
每个窗口是通过父子关系体系连接到一起的。应用程序创建一个没有父亲的主窗口，称为顶层窗口。该窗口可能包含（也可能没有包含）有窗口，称为子窗口。子窗口会被父窗口裁减。也就是说，子窗口超出父窗口边沿的部分是不可见的。当父窗口被销毁时，子窗口自动被销毁。当父窗口移动的时候，子窗口随父窗口一起移动。
从程序角度看子窗口同顶层窗口是一样的。您可以使用CreateWindow或CreateWindowsEx函数来创建它们，和顶层窗口一样，每个子窗口都有一个窗口过程来处理消息，并且每个都可以包含自己的子窗口。要创建子窗口，需要将CreateWindow或CreateWindowEx的参数dwStyle设置为WS_CHILD。另外，对在顶层Windows CE窗口中没有使用的hMenu参数，可以传一个ID用以引用该子窗口。
在Windows CE下，顶层窗口和子窗口之间还有另外一个主要的不同点。Windows CE shell只给具有WS_OVERLAPPED和WS_VISIBLE风格的顶层窗口发送WM_HIBERNATE消息。（这种情况下的窗口可视与用户是否可以看见是无关的。如果有其它窗口在Z轴方向盖住了该窗口，该窗口对系统是可见的，但用户是看不到的。）这意味着不能发送WM_HIBERNATE消息给子窗口和大部分对话框。顶层窗口要么在需要的时候手工发送WM_HIBERNATE消息给它们的子窗口，要么自己执行所有必要的工作来减少应用程序的内存使用量。在使用标准"Explorer shell"的Windows CE系统里，支持在任务栏上显示应用程序按钮，而用于判断WM_HIBERNATE消息目标窗口的规则，一样适用于判断哪些窗口获得了任务栏上的按钮。
窗口除了有父子关系外，还有一种拥有和被拥有的关系。被拥有的窗口并不被其拥有者裁剪。但是，被拥有的窗口总是出现在拥有者的Z坐标的上方。如果拥有者最小化了，它拥有的所有窗口都被隐藏。同样地，如果该窗口被销毁，其拥有地所有窗口都被销毁。