AfxGetApp() 可以在一个进程的任意一个线程中调用，得到该进程的内核对象指针；
AfxGetMainWnd() 只能在进程的主线程中调用，返回主框架的指针。
参照"小居"坛友的博客有如下解释:
AfxGetApp()这个函数在VC当中很常见，主要是用来获得CWinAPP生成的全局对象的。一般情况下将其强制类型转换成你自己写的App类就可以调用里面的方法了。
但是如果编写的是DLL程序的话，情况会稍有不同。你会发现在DLL中调用AfxGetApp这个函数会得到DLL的应用对象。原因出现在DLL的模块状态上。应用程序在调用DLL时为了保证资源不出问题，往往会调用一句：
AFX_MANAGE_STATE(AfxGetStaticModuleState())
注意这是一个宏。他的作用是切换模块的全局变量范围，即把应用程序的那些全局变量拷贝切换到这个DLL的全局变量拷贝，自然用AfxGetApp得到就是DLL里面的这个APP了。如果要访问应用程序的App对象，那么只要把模块状态切换回去就可以了，执行完一
定要把状态再切换回来，否则就要出问题了。
例如：
// switch thread state back to application
_AFX_THREAD_STATE pState = AfxGetThreadState();
AfxSetModuleState(pState-m_pPrevModuleState);
// do something with the application
AfxGetApp()-...
// switch thread state back to dll
AFX_MANAGE_STATE(AfxGetStaticModuleState())
我们在任何一个VC工程中都会看到一个类似于：
//Test.cpp文件中
CTestApp theApp;//（工程名为Test）
的语句。它是指向工程对象的一个指针，你可以用它方向Test工程的成员函数和变量。
如果工程中添加了一个CConfig类，在CConfig中想调用Test工程中的成员函数和变量，则可以这样调用之：
CTestApp *pApp=(CTestApp *)AfxGetApp( );
如果在CTest类中我们声明如下一些变量：
//Test.cpp文件
class CTestApp : public CWinApp
{
public:
CTestApp( );
CString str; //添加的对话框变量
...
}
//Test.cpp文件
CTestApp::CTestApp()
{
str="abc";
}
好了，现在我们就在CConfig类中调用str吧！
//Config.cpp文件
CTestApp *pApp=(CTestApp *)AfxGetApp( );
AfxMessageBox(pApp->str);
这样，就实现了对CTestApp类中变量的调用。
AfxGetApp() -- 取应用程序实例指针
GetMainWnd() -- 取主窗口对象指针
这两个函数可以合成一个: AfxGetMainWnd(); (此函数只能在进程的主线程中调用,获取当前线程对应窗口指针,适用范围要比AfxGetApp() 小一些)。
我通常把一些重要的工程一开始就需要初始化的并且在其它地方类中都要用到的变量或
函数定义在C***App类中，然通过此函数获得这些变量或函数。
AfxGetApp
The pointer returned by this function can be used to access application
information such as the main message-dispatch code or the topmost window.
CWinApp* AfxGetApp();
Return Value
A pointer to the single CWinApp object for the application.
Example
// Print the application's executable filename.
TRACE("Executable filename = %s/n", AfxGetApp()->m_pszExeName);
Requirements
Windows CE versions: 2.0 and later
Header file: Declared in Afxwin.h
Platform: H/PC Pro, Palms-size PC, Pocket PC
－－－－
如果你定义为取全局变量，只需在需要的地方用extern声名即可
如果把变量在你的C*App类中定义,就可以通过通过AfxGetApp()获取C*App的指针,这样就可以调用它的变量了.如果是全局变量,这不需要用这个函数调用它AfxGetApp()的返回值是指向theApp的指针，与全局变量无关。