1907年，2月，秀荣因患流感引起旧病复发，哮喘而亡，本因坊门发生了继存权的危机。
秀荣的遗孀以及很多弟子遵照遗嘱推举秀荣的得意弟子雁金准一为继存人。但是，与兄长秀荣不和的秀元却坚决推荐田村保寿： “门下学生中的最强者来继位是本因坊的家法。不管将来如何，现在田村的棋力在雁金之上，这是不可置疑的事实。二十世本因坊非田村莫属！” (摘自《日本围棋四百年激战风云录》)。
两派互不相让。政界的大人物出场调解亦无济于事。为了避免本因坊门的分裂，棋力比田村、雁金两人都弱的秀元只得暂时出任第二十世本因坊，风波暂息。
1908年，秀元将权位让给34岁的田村保寿，二十一世本因坊秀哉就这样诞生了。 在这之后数年里，秀哉将周围高手普遍降到先二的棋份。
1914年，本因坊秀哉在41岁时就任名人棋所，从此确立围棋界第一人的地位。
1926年，本因坊秀哉与宿敌雁金准一在日本棋院和棋正社的对抗赛中相遇，这盘棋双方竭尽全力，妙手叠出，棋盘上战云密布，火花四溅，最后雁金在小负已成定局的情况下超时负。这盘棋被后世誉为“杀棋之名局”。此时是不败名人秀哉的鼎盛时期。
1933～1934年，在读卖新闻社主办的“日本围棋选手权战”中，来自中国的旅日棋手吴清源五段获得优胜，并取得向秀哉名人挑战的资格，这盘棋因执黑的吴清源前三手下在三三、星、
天元而让世人震惊。最后吴清源以2目惜败。
1936年，秀哉名人开始考虑将本因坊名号转让给日本棋院。主要起因是秀哉的得意弟子小岸壮二于1924年英年早逝（年仅26岁），而小岸死后，秀哉竟不能从门下弟子中找出一个合意的继承人选！其次是开除野泽竹朝的“破门案”，以及木谷实、吴清源等年轻棋士的活跃。主要是由于时代的进步使秀哉考虑到本因坊名号应该属于棋力最高者而不应该是世袭制。12月，日本棋院创设了“本因坊名迹争夺・全日本职业棋手选手权大手合”（也就是后来的本因坊战），由东京日日新闻社和大阪每日新闻社（后来合并为每日新闻社）共同登载比赛棋谱，购买本因坊名号并转让给日本棋院。
1937年，1月，本因坊家将发行段位证书的特权转让给日本棋院，六十三岁的秀哉名人因年高体弱，疾病缠身，宣布引退。东京日日新闻组织“名人引退棋”选拔赛。选拔赛历时一年，最后木谷实七段获冠军，赢得与秀哉名人对局的机会。
1938年，6月26日，“名人引退棋”开始，12月4日结束，期间一共打挂15次。结果木谷实授先5目胜。
1939年，6月9日秀哉名人将“本因坊”的名号转让给日本棋院。“本因坊战“得以开始， 6月21日第1届本因坊战第一次预选赛开始。
1940年，1月18日，本因坊秀哉去世，享年67岁。死后与历代本因坊一同葬在本妙寺。