从用户角度看，整个视窗图形操作系统的运行和实现机制：
一、用户通过输入设备进行各种操作，然后通过输出设备看到操作结果，各种图形任务处理和显示。
二、图形应用程序向窗口管理器获取各种消息，包括用户输入，应用程序状态改变等，然后按照程序预先设定好的方式处理消息，最终将处理完的结果下发给窗口管理器。
三、窗口管理器向系统消息队列获取各种消息，然后根据一定的算法进行仲裁，下发到最终应用程序，当应用程序处理完消息之后，根据应用发来的数据，窗口管理器按照一定的算法，管理协调所有的窗口显示和更新。通过一定的方式下发到操作系统。
四、逻辑中间层包括系统消息队列以及消息处理反馈。系统消息队列向操作系统内核获取各种消息，然后管理下发到窗口管理器。消息处理反馈会将窗口管理器协调处理好的各种数据包括图形操作信息一并下发到操作系统内核，即系统调用。
五、操作系统内核向各种输入设备的驱动程序获取数据、设备状态、用户操作等，然后经过处理上发到系统消息队列。操作系统内核接收到系统调用传来的数据之后，按照一定的方式将数据送给各种输出设备的驱动程序。
六、输入设备驱动程序获取各种用户操作设备的信息，经过处理上发到操作系统内核。输出设备驱动程序接收到系统内核传来的数据会最终将数据写入到硬件输出设备。
这里只是简单的运行和实现机制，没有牵扯到细节，具体的运行和实现要考虑很多情况和细节，比上面描述的要复杂的多。
以上内容都是个人理解，如有错误和偏差欢迎指出。