今天终于搞定了NDK在Windows上的配置，揭开神秘面纱。发博以示奖励，现记录下来。
1、进入www.cygwin.com 选择 install 下载setup.exe，大概549KB
2、利用setup.exe下载cygwin。按照提示，一步步就行了。在下载过程中，可以下载比较慢，建议多试几个下载地址。我用了大概3个小时的时候才下载完。注意：在选择安装项中要点击按钮切换到Devel Install状态。开始我没在意，以后不能用。
3、下载android NDK，http://developer.android.com/sdk/ndk 下载完，解压就可以了。
接着配置cygwin
设置环境变量
先找到安装路径下的.bash_profile 文件，我的环境位于：C:/cygwin/home/Administrator 。用
UltraEdit或则editplus 打开，不要用记事本打开，添加以下两句：
ANDROID_NDK_ROOT=/cygdrive/e/develop/android/android-NDK/android-ndk-1.5_r1
export ANDROID_NDK_ROOT
其中前一句需要修改为你自己的路径，保存后，重新启动Cygwin。
e/develop/android/android-NDK/android-ndk-1.5_r1 是自己的安装路径
注意：这里如果是中文OS 使用记事本或者写字板打开编辑后，重新启动Cygwin 会报错。可
到这里cygwin就配置好了的。最新的android-ndk-r4b，是不需要其他的配置，低版本的还需要配置下./host-setup.sh
配置搞定了...............................
参考文章：eoeAndroid特刊 第七期 NDK，文章中用到的是老版本NDK，所以要灵活转变
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试验一下怎么用：
.新建一个android project，取名hello-jni，从NDK/samples/hello-jni拷贝HelloJni.java和jni目录。
在这个project上，右键，选择properties，选择builder，new，选择program，点OK。
在新打开的窗口中，填写以下内容：
location：H:/cygwin/bin/bash.exe
working directory：H:/cygwin/bin/
arguments：--login -c "cd /cygdrive/e/boss-workspace/hello-jni && $ANDROID_NDK_ROOT/ndk-build"
其中，H:/cygwin是Cygwin的安装目录，e/boss-workspace/hello-jni是工程目录。
选择选项卡中的refresh，
注意在勾选Specify working set of relevant resources时指定资源选择你的工程的jni目录即可。
当以上步骤都正确配置无误，保存配置后应该就会自动编译jni目录下的C相关代码并输出相应的.so库文件到工程的libs目录下，libs目录会自动创建。
注解：一开始console里面报告找不到ndk-build，将argument写成：
--login -c "cd /cygdrive/e/boss-workspace/hello-jni && /cygdrive/e/software/android-ndk-r4-windows/android-ndk-r4/ndk-build"，
并clean，会自动重新编译，编译成功。
详细参考：http://wingjang.blog.163.com/blog/static/47913442201101764354578/
我就是按照上面的例子做的，成功生成了lib,obj等文件，程序可以正常运行。
感谢党，感谢国家，感谢网络....
改天仔细来研究下jni...加油