通常情况下，推荐使用WebSphere提供的卸载程序来卸载WebSphere，而不要使用操作系统的卸载软件的功能来卸载WebSphere，因为那样步骤比较复杂，并且有可能由于漏掉某些步骤而导致不能完全卸载干净。
卸载WebSphere之前，需要停止所有WebSphere相关的进程，最好查看系统中的进程确保没有java进程运行，另外，如果使用了Web服务器，确保停止了Web服务器。然后运行WebSphere的卸载程序，卸载程序命令在UNIX系统中为uninstall，Windows中为uninstall.exe，存在于WebSphere的安装目录下的 _uninst 目录中。例如，在UNIX系统中，将目录转至 install_root/_uninst 目录（install_root为WebSphere的安装目录），运行 uninstall 命令，根据图形向导来卸载WebSphere。