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败者树 多路平衡归并外部排序 – Dreaming.O的专栏 – 博客频道 – CSDN.NET

2011年02月22日 ⁄ 综合 ⁄ 共 5021字 ⁄ 字号 评论关闭

败者树 多路平衡归并外部排序 - Dreaming.O的专栏 - 博客频道 - CSDN.NET

败者树 多路平衡归并外部排序

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一 外部排序的基本思路

假设有一个72KB的文件,其中存储了18K个整数,磁盘中物理块的大小为4KB,将文件分成18组,每组刚好4KB。

首先通过18次内部排序,把18组数据排好序,得到初始的18个归并段R1~R18,每个归并段有1024个整数。

然后对这18个归并段使用4路平衡归并排序:

第1次归并:产生5个归并段

R11   R12    R13    R14    R15

其中

R11是由{R1,R2,R3,R4}中的数据合并而来

R12是由{R5,R6,R7,R8}中的数据合并而来

R13是由{R9,R10,R11,R12}中的数据合并而来

R14是由{R13,R14,R15,R16}中的数据合并而来

R15是由{R17,R18}中的数据合并而来

把这5个归并段的数据写入5个文件:

foo_1.dat    foo_2.dat    foo_3.dat     foo_4.dat     foo_5.dat

 

第2次归并:从第1次归并产生的5个文件中读取数据,合并,产生2个归并段

R21  R22

其中R21是由{R11,R12,R13,R14}中的数据合并而来

其中R22是由{R15}中的数据合并而来

把这2个归并段写入2个文件

bar_1.dat   bar_2.dat

 

第3次归并:从第2次归并产生的2个文件中读取数据,合并,产生1个归并段

R31

R31是由{R21,R22}中的数据合并而来

把这个文件写入1个文件

foo_1.dat

此即为最终排序好的文件。

 

二 使用败者树加快合并排序

外部排序最耗时间的操作时磁盘读写,对于有m个初始归并段,k路平衡的归并排序,磁盘读写次数为

|logkm|,可见增大k的值可以减少磁盘读写的次数,但增大k的值也会带来负面效应,即进行k路合并

的时候会增加算法复杂度,来看一个例子。

把n个整数分成k组,每组整数都已排序好,现在要把k组数据合并成1组排好序的整数,求算法复杂度

u1: xxxxxxxx

u2: xxxxxxxx

u3: xxxxxxxx

.......

uk: xxxxxxxx

算法的步骤是:每次从k个组中的首元素中选一个最小的数,加入到新组,这样每次都要比较k-1次,故

算法复杂度为O((n-1)*(k-1)),而如果使用败者树,可以在O(logk)的复杂度下得到最小的数,算法复杂

度将为O((n-1)*logk), 对于外部排序这种数据量超大的排序来说,这是一个不小的提高。

 

关于败者树的创建和调整,可以参考清华大学《数据结构-C语言版》

 

三 产生二进制测试数据

打开Linux终端,输入命令

dd if=/dev/urandom of=random.dat bs=1M count=512

 这样在当前目录下产生一个512M大的二进制文件,文件内的数据是随机的,读取文件,每4个字节

看成1个整数,相当于得到128M个随机整数。

 

四 程序实现

 

C代码  收藏代码
  1. #include <assert.h>  
  2. #include <fcntl.h>  
  3. #include <stdio.h>  
  4. #include <stdlib.h>  
  5. #include <string.h>  
  6. #include <unistd.h>  
  7.   
  8. #include <sys/time.h>  
  9. #include <sys/types.h>  
  10. #include <sys/stat.h>  
  11.   
  12. #define MAX_INT ~(1<<31)  
  13. #define MIN_INT 1<<31  
  14.   
  15. //#define DEBUG  
  16.   
  17. #ifdef DEBUG  
  18. #define debug(...) debug( __VA_ARGS__)   
  19. #else  
  20. #define debug(...)  
  21. #endif  
  22.   
  23. #define MAX_WAYS 100  
  24.   
  25. typedef struct run_t {  
  26.     int *buf;       /* 输入缓冲区 */  
  27.     int length;     /* 缓冲区当前有多少个数 */  
  28.     int offset;     /* 缓冲区读到了文件的哪个位置 */  
  29.     int idx;        /* 缓冲区的指针 */  
  30. } run_t;  
  31.   
  32. static unsigned int K;              /* K路合并 */  
  33. static unsigned int BUF_PAGES;      /* 缓冲区有多少个page */  
  34. static unsigned int PAGE_SIZE;      /* page的大小 */  
  35. static unsigned int BUF_SIZE;       /* 缓冲区的大小, BUF_SIZE = BUF_PAGES*PAGE_SIZE */  
  36.   
  37. static int *buffer;                 /* 输出缓冲区 */  
  38.   
  39. static char input_prefix[] = "foo_";  
  40. static char output_prefix[] = "bar_";  
  41.   
  42. static int ls[MAX_WAYS];            /* loser tree */  
  43.   
  44. void swap(int *p, int *q);  
  45. int partition(int *a, int s, int t);  
  46. void quick_sort(int *a, int s, int t);  
  47. void adjust(run_t ** runs, int n, int s);  
  48. void create_loser_tree(run_t **runs, int n);  
  49. long get_time_usecs();  
  50. void k_merge(run_t** runs, char* input_prefix, int num_runs, int base, int n_merge);  
  51. void usage();  
  52.   
  53.   
  54. int main(int argc, char **argv)  
  55. {  
  56.     char                filename[100];  
  57.     unsigned int    data_size;  
  58.     unsigned int    num_runs;               /* 这轮迭代时有多少个归并段 */  
  59.     unsigned int    num_merges;             /* 这轮迭代后产生多少个归并段 num_merges = num_runs/K */  
  60.     unsigned int    run_length;             /* 归并段的长度,指数级增长 */  
  61.     unsigned int    num_runs_in_merge;      /* 一般每个merge由K个runs合并而来,但最后一个merge可能少于K个runs */  
  62.     int                 fd, rv, i, j, bytes;  
  63.     struct stat         sbuf;  
  64.   
  65.     if (argc != 3) {  
  66.         usage();  
  67.         return 0;  
  68.     }  
  69.     long start_usecs = get_time_usecs();  
  70.   
  71.     strcpy(filename, argv[1]);  
  72.     fd = open(filename, O_RDONLY);  
  73.     if (fd < 0) {  
  74.         printf("can't open file %s\n", filename);  
  75.         exit(0);  
  76.     }  
  77.     rv = fstat(fd, &sbuf);  
  78.     data_size = sbuf.st_size;  
  79.   
  80.     K = atoi(argv[2]);  
  81.     PAGE_SIZE = 4096;                           /* page = 4KB */  
  82.     BUF_PAGES = 32;  
  83.     BUF_SIZE = PAGE_SIZE*BUF_PAGES;  
  84.     num_runs = data_size / PAGE_SIZE;           /* 初始时的归并段数量,每个归并段有4096 byte, 即1024个整数 */  
  85.     buffer = (int *)malloc(BUF_SIZE);  
  86.   
  87.     run_length = 1;  
  88.     run_t **runs = (run_t **)malloc(sizeof(run_t *)*(K+1));  
  89.     for (i = 0; i < K; i++) {  
  90.         runs[i] = (run_t *)malloc(sizeof(run_t));  
  91.         runs[i]->buf = (int *)calloc(1, BUF_SIZE+4);  
  92.     }  
  93.     while (num_runs > 1) {  
  94.         num_merges = num_runs / K;  
  95.         int left_runs = num_runs % K;  
  96.         if(left_runs > 0) num_merges++;  
  97.         for (i = 0; i < num_merges; i++) {  
  98.             num_runs_in_merge = K;  
  99.             if ((i+1) == num_merges && left_runs > 0) {  
  100.                 num_runs_in_merge = left_runs;  
  101.             }  
  102.             int base = 0;  
  103.             printf("Merge %d of %d,%d ways\n", i, num_merges, num_runs_in_merge);  
  104.             for (j = 0; j < num_runs_in_merge; j++) {  
  105.                 if (run_length == 1) {  
  106.                     base = 1;  
  107.                     bytes = read(fd, runs[j]->buf, PAGE_SIZE);  
  108.                     runs[j]->length = bytes/sizeof(int);  
  109.                     quick_sort(runs[j]->buf, 0, runs[j]->length-1);  
  110.                 } else {  
  111.                     snprintf(filename, 20, "%s%d.dat", input_prefix, i*K+j);  
  112.                     int infd = open(filename, O_RDONLY);  
  113.                     bytes = read(infd, runs[j]->buf, BUF_SIZE);  
  114.                     runs[j]->length = bytes/sizeof(int);  

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